医学教育

重庆医科大学附属儿童医院研究员, 2014年在德国波恩大学的计算生命科学专业取得的博士学位；2013年9月进入德国科隆大学转化基因组学系，在Martin Peifer教授和Roman Thomas教授的指导下进行肺癌症基因组学和生物信息学的博士后研究；中国科学院"百人计划"技术英才，云南省引进海外英才青年人才项目，重庆市英才计划B类入选者； 2021年8月加入重庆医科大学附属儿童医院，从事机器学习和计算基因组学的转化医学研究；已以第一或通讯作者在Nature Protocols, Journal of Integrative Plant Biology, Aging Cell, Bioinformatics等杂志发表了14篇学术论文，参与多篇Nature、Cell、Nature Biotechnology、Nature Genetics文章的数据分析，论文总引用次数超>8678多次(2025.03.05统计的数据)。

欢迎临床类、生物类、理工类的学生来我们报考我们的硕士、博士研究生。研究组有完整的生信培训和培养环境，让各种背景的学生快速掌握生信技能。更多信息请访问我们研究组的网页：cunlab.org。

研究方向

基因组中遗传变异检测算法的开发和流程构建

单细胞组学数据的个性化算法开发和分析

疾病（癌症）的多组学数据数据建模和分析

进化基因组学

深度学习在医学医学影像组学中的应用

代表性论文

Yupeng Cun*, Tsun-Po Yang*, ..., Martin Peifer, Copy number analysis and inference of subclonal populations in cancer genomes using Sclust. Nature Protocols，(2018) （提出一个全新的模型来推断肿瘤亚克隆的结构，是现算法里计算速度最快的，被引用了84次）

Julie George*, Jing Shan Lim*, Se Jin Jang, Yupeng Cun(4th/96), …, Martin Peifer, Julien Sage & Roman K. Thomas: Comprehensive genomic profiles of small cell lung cancer. Nature，2015; 524(7563), （做主要的数据分析者，构建了一系列的基因组突变、cnv、基因重组检测、亚克隆(subclonal)推断方法的完成分析流程PeifLyne，文章被引用>2240次，是小细胞肺癌基因你组的经典文章）

Yupeng Cun, Holger Froehlich: Network and data integration for biomarker signature discovery via network smoothed T-statistics. PLoS ONE，2013; 8(9):e73074.（提出一个网络模型用于整合多种组学数据，被引用了78次）

Dake Zhao#, Ya Zhang#, Huanxing Ren, ..., Jue Ruan, Suiyun Chen*, Diqiu Yu*, Yupeng Cun*, 2023 Multiomics analysis reveals the evolutionary origin of diterpenoid alkaloid biosynthesis pathways in Aconitum, Journal of Integrative Plant Biology https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/jipb.13565  (Impact Factor 11.4)

Hao-Tian Wang#, Long Zhao#,..., Yu-Peng Cun*, Fu-Hui Xiao*, Qing-Peng Kong*, Scrutiny of genome-wide somatic mutation profiles in centenarians identifies the key genomic regions for human longevity, Aging Cell (2024) e13916. https:// doi.org/10.1111/acel.13916

基金项目

2018-2023，中国科学院昆明植物所的“植物基因组从头组装和遗传变异分析平台的构建”项目，120万，结题，主持

2019-2021，中国科学院的“发展机器学习模型用于智能植物志的物种分类和鉴定”项目，150万，结题，主持

2021-2024，国家自然科学基金的“整合多区域肿瘤单细胞转录组和组织基因组测序数据的统计模型用于推断肿瘤演化”面上项目，56 万，结题，主持

2022-2026，重庆医科大学附属儿童医院的引进人才启动经费“泛儿童脑部肿瘤的多组学研究”，200万，在研，主持