为充分有效地利用国内外科技和智力资源，全面提升国际科技合作的规模和质量，增强我国在前沿技术、竞争前技术和基础科学领域的科技创新能力，科技部国际合作司从2006年开始在全国设立了“国际科技合作基地”项目，经过专家评审后由科技部国际合作司发文并授牌。2009年市科委开始设立了“重庆市国际科技合作基地”项目，首批有4家单位获批。到目前止，市科委仅授牌全市8个单位“国际科技合作基地”,为进一步申报“国家国际科技合作基地”奠定了良好的基础。

多年来,我院充分利用世界发达地区科技先进，国际科技丰富资源的优势，努力提高自主创新能力，不断增加国际科技合作的投入，鼓励各个研究平台积极参与平等互利的科技合作，积极引进一批优秀的国际合作研究项目、研发机构和人才团队，尤其是积极推动优势研究领域的先进性与国际化进程。通过国际科技合作，儿童医院逐步形成以“儿童发育重大疾病诊治与预防”等为特色的高水平高技术的临床学科群，依托儿科学重点实验室，形成高水平国际化的科研团队，在儿科界独树一帜。我院将利用“国际科技合作基地”这个平台,进一步拓展国际科技合作渠道，创新合作方式，提升合作层次，使之真正成为技术领先、人才聚集的国际化研发基地和高端人才培养基地。