渝中院区和两江院区均有住院病房，拥有85张固定床位和一支专业的医护队伍，目前共有医生17人，其中正高级职称2人，副高级职称2人，中级职称8人，初级职称5人，均为硕士研究生以上学历。专业护理队伍23人，其中副主任护师1名、主管护师6名、护师及护士16、专科护士3名（肠内营养、PICC等）
病房年收治患儿达4500人次，外埠病人达40%以上，门诊病人达100000以上。
科室收治病种
01胃肠类疾病
儿童急慢性腹泻病，胃食道反流、慢性胃炎、儿童幽门螺杆菌感染、消化性溃疡、消化道出血、炎症性肠病、坏死性小肠结肠炎、消化道息肉、慢性腹痛、便秘、食物过敏相关胃肠道疾病、小肠淋巴管扩张症。
02肝病
婴儿肝炎综合症、婴儿胆汁淤积症/胆汁淤积性肝炎、巨细胞病毒性肝炎。
03营养相关性疾病
急慢性胰腺炎、短肠综合征、营养不良及儿童肠内外营养支持等。
科室特色技术
01内镜检查
开展儿童无痛胃镜、结肠镜、小肠镜及胶囊内镜检查，年诊疗量5000例次以上。
02内镜治疗
开展上消化道出血的内镜下处置，消化道异物钳取，消化道息肉内镜下切除，术中内镜，胃扭转复位，肠内外营养各项支持技术（鼻胃管、鼻空肠营养管、胃造瘘、胃造瘘空肠管、PICC），消化道狭窄切开、支架置入、扩张等内镜下治疗。
03检查技术
开展13C呼气试验、消化道感染病原学的检测、小儿经皮肝穿刺组织学检查等技术。
消化内科培养各层次儿科消化专业人员，接收来自全国的小儿消化专业和内镜进修人员。年培养研究生8-10名。每年举办儿科消化国家级继续教育学习班及多层次的学术交流，并开展适宜技术的推广。致力于儿科消化相关的临床与基础研究，目前承担国家级、省部级/市级课题10余项，在国内外杂志发表科研论文100余篇，SCI收录17篇。
